1999年，某个工具被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登岸了馆山，特生自卫队出动与之睁开了苦战。在战役中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）不测害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本当局在柘植真智子首相（水野久美 饰）的批示下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家起头研讨对于哥斯拉的G火器。他们以在馆山冲发掘出来的初代哥斯拉骨骼为根本，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学手艺厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就职新首相。同时，茜被派去了机龙队，担负机龙的操纵员。 就在预备机龙测试灵活时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声叫醒了体内的野兽魂魄，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改进机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱机关，使机龙不会再受哥斯拉啼声的干扰...
