本片讲述在1868年航运界传言南海中有海怪破坏船只，列国当局被迫派遣军舰维护航道平安，及调查海怪真伪。不意调查舰被不明怪物撞沉，只要阿洛亚斯传授、助手康索及鱼叉手尼德蓝被鹦鹉螺核子潜艇救起。该船由尼莫舰长批示，对运载军械船舰均予击沉。尼莫敬服阿洛亚斯之造诣，将其视为上宾。潜艇要返回瓦康尼亚基地，半途到深海探索海底世界，此处是该船粮食之首要来源。传授为其科技动力来自海底貂殖的手艺赞叹不已，但尼德蓝一心想逃跑，却在荒岛中被食人族逐出。他又查出基地职位，用瓶子装信向外通知。达到瓦康尼岛时，军舰已围住该基地。尼莫破坏基地，引发核子爆炸，尼莫亦中弹命危，临死前将鹦鹉螺号驶入海底墓地加以破坏。
