故事产生在日本的江户期间，一位神秘的男子出如今了军人桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚以后，桂便着落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他们寻觅主人的着落。同时，银时（杉田智和）也遭到委托，寻觅四处作恶的红樱的着落。三人的线索会聚到了一艘空中飞艇上，因为远离警察的管辖范围，飞艇里的恶权势一手遮天。在那里，银时遇见了已经的战友如今的敌手高杉晋助（子安武人 配音），高杉正率领着自己的鬼兵队诡计扑灭江户。一面是穷凶极恶的可骇份子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够安然脱险抢救江户吗？ 这次戏院版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》，此中，在原作中未进场的真选组也将在故事中大显神通。
