故事产生在战国期间，通俗人家身世的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的挽劝下，他分开故乡摄津，进入那时一流的忍者学园进修。在黉舍，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个身世巨贾家庭的小胖子，为人模模糊糊，对吃尤其感爱好；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财悭吝。这三个性情迥异却的小家伙成为好同伙，他们最大的配合点就是经常由于考试不合格受处惩罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性情怪僻且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和四周的同窗、老师一路演出了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片按照漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
