哥斯拉掉入三原山以后，日本过了5年安然的日子，可是自卫队为了以防万一，筹算以哥斯拉的细胞为成份制作匹敌哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器"Super_X"革新成为"Super X2"，此时哥斯拉在三原山里居然又起头流动，使得日本关东地域地动不竭，而且使得白神博士将自己女儿细胞跟玫瑰细胞混合的动物死亡，因而白神博士便进入ANB计划，同时他将哥斯拉细胞与女儿细胞跟玫瑰细胞混合的动物结合制作了不死动物碧奥兰蒂，可是在一次的事务傍边碧奥兰蒂被释放出来而且在芦之湖庞大化。此时三原山爆炸，哥斯拉再度出现，自卫队没法阻挡哥斯拉 往东京方向移动，后来出动了"Super X2"使哥斯拉改变移动方向，可是在哥斯拉不间断的进犯之下"Super X2也败下阵来，可是没有想到哥斯拉此时却朝着碧奥兰蒂的地点地移动.....
